「——是桐人。我的桐人回来了……」 地底世界「最终负荷实验」第二天。 打败「人界军」最强整合骑士贝尔库利以及使用超级帐号——太阳神索鲁斯的诗乃后，加百列便追赶逃走的爱丽丝。 另一方面，被具压倒性人数的「暗黑骑士」所包围的「人界军」诱饵部队， 亚丝娜在战场上的奋斗、莉兹贝特与西莉卡的助力全都落空，心神丧失状态的桐人终于被微笑棺木的残党「PoH」抓住了。为了一吐长年的怨气，PoH的毒牙朝着桐人迫近—— 瞬间。 桐人的内心响起了声音。那是和他一起生活、战斗、欢笑的好友传出的声音。也是独一无二的最佳拍档的声音—— 这时候，为了拯救所有存活在Underworld的「一切」。 桐人终于复活了。

在象征「公理教会」的白色大理石高塔「中央圣堂」，透过被隔离在大图书馆里的贤者「卡迪娜尔」的帮助，为了让变成整合骑士的爱丽丝恢复成「真正模样」的尤吉欧，以及为了避免这个地底世界被消灭的桐人一起朝着最高司祭「亚多米尼史特蕾达」等待着他们的最高层——第一百层前进。 终于来到了第九十九层时…… 出现在桐人与爱丽丝面前的，是身穿整合骑士铠甲，眼神显露出冰冷光芒的尤吉欧。 面对毫不犹豫就拔剑相向的尤吉欧，桐人不得不展开迎击。踏上旅途当天，从远方雷鸣所感觉到的战斗与别离的预兆难道要成真了吗？记忆被封锁的尤吉欧，真的能够听见桐人拼了命的呼唤吗？ Alicization「人界篇」，完结！

无法完全攻略就无法离开游戏，GAME OVER也等于宣告玩家的「死亡」——大约一万名毫不知晓谜样次世代在线游戏「Sword Art Online刀剑神域（SAO）」“真相”为何的玩家登入后，这场死亡战斗也随之揭开了序幕。 身为其中一名SAO的游戏玩家——主角·桐人，比任何人都还早接受这款在线游戏的「真相」，他在游戏的舞台——巨大浮游城堡「艾恩葛朗特」里，以不与人组队的独行剑士身分，逐渐崭露头角。 桐人原本以完全攻略的条件——到达城堡最上层为目标，持续单独地进行严酷且漫长的冒险。但在刺击剑高手·女剑士亚丝娜的强迫邀约之下，最后决定与她一起组队。两人的相遇也为桐人带来了命中注定的契机—— 在个人网站上连载时，创下超过650万阅览人数的纪录！传说中的小说即将登场！

桐人为了调查枪与钢铁的VRMMO「Gun Gale Online」里所发生的「死枪」事件而登入「GGO」。 桐人转移过来之后，虽然遇上了乍看之下很容易被误认是美少女角色的麻烦，但在经过狙击手少女诗乃的引导之后，顺利参加了决定最强枪手的对玩家淘汰赛「BoB」。 桐人在这个被枪支配的世界里，成为唯一使用光剑战斗并不断在「BoB」里获胜的角色。而那种奇异的战斗型态立刻造成了话题，他的知名度也跟着不断上升。 时间终于来到了隔天的「BoB」正式大赛。在聚集了许多强敌的「多人数大混战」当中，「死枪」终于现出身影。「死枪」他究竟是什么人呢？「假想世界」真的能对「真实世界」产生影响吗……桐人即将独自挑战「死枪」！ 「幽灵子弹」篇，完结！

由整合骑士贝尔库利所率领的五千名人界守备军，对上了由暗神贝库达，也就是加百列·米勒所率领的五万名侵略军。 以「天穿剑」法那提欧为首的整合骑士，虽然为了扳回数量上的劣势而不断奋斗，但敌军——山地哥布林族却利用奸计穿越防卫线，突击后方的补给部队。少女练士罗妮耶与缇洁由于在后方保护心神丧失状态的桐人，也因此而面临了危机。 再加上侵略军当中最为诡计多端的暗黑术师公会总长蒂伊·艾·耶尔也企图以恐怖的大规模术式来歼灭守备军……而登入Underworld的亚丝娜又身处何处呢——！

「这……这里是什么地方……？」 桐人一醒过来，马上发现自己掉进了到处都是参天巨树的森林──奇幻的「假想世界」当中。为了寻求线索而在附近乱逛的他遇见了一名少年。「我的名字叫尤吉欧。请多指教，桐人。」 这名假想世界里的居民──也就是「NPC」的少年竟然拥有足以媲美人类的丰富感情表现。随着与尤吉欧的友情越来越深厚，桐人脑袋里也出现了过去的某段回忆。 桐人的回忆里，还是小孩子的自己曾经和尤吉欧在深山里到处乱逛。而且除了尤吉欧之外，还有另一名有着金黄色头发的少女。少女的名字是爱丽丝。那是一个绝对不能忘记的重要姓名。 网络上获得最多支持的超人气篇章登场！

桐人进入了一个神秘的奇幻世界，并且在那个带有VRMMO感觉的空间里，遇见一名感情丰富的少年。 不仅如此，他甚至跟这名看起来完全不像「NPC」的少年．尤吉欧结伴同行，前往央都「圣托利亚」。 两年过去了──桐人和尤吉欧成为「北圣托利亚帝立修剑学院」的「初等练士」，各自接受前辈索尔缇莉娜以及哥尔哥罗索的指导，朝着成为人界最强秩序执行者「整合骑士」的目标前进。为了到达统率央都的「公理教会」中枢，他们俩排除万难，立志要成为学院里仅有的十二名「上级修剑士」──！ 壮大的虚拟世界物语再度展开！

跟桐人有所牵扯的「死枪」事件结束后，又过了几个礼拜。 在充满了精灵角色的次世代飞行系VRMMO「ALfheim Online」里，出现奇妙的骚动。 新地图「浮游城艾恩葛朗特」第24层主要街道的北部，出现一名神秘人物。 这人以自己的「原创剑技」作为赌注与其他玩家进行一对一单挑，并且击败了所有对手。 这名人称「绝剑」的剑术高手，甚至打败了「黑色剑士」桐人。 亚丝娜虽然也向「绝剑」挑战，但最后还是以些微差距败在对方手下。 可是决斗一结束，「绝剑」竟然立刻邀请亚丝娜加入自己的公会!? 而在足以号称「绝剑」的优异剑技之下，其实还隐藏着某件秘密——

地底世界在历经长达三百年的战乱后终于统一了。 不知从何处出现的一名「贝库达的肉票」打倒暗神，为这个世界带来了和平。 但是，之后人界的中枢，白色巨塔「中央圣堂」里── 晋升「整合骑士见习生」的罗妮耶·阿拉贝鲁，从人界意志最高决定者「代表剑士」桐人那里听见了冲击性的发言。 「──终有一天，会再次发生战争。」 描述「Alicization篇」在「地底世界大战」之后发生的故事！

「桐人，告诉我……我到底……该怎么办才好？」 打倒最高司祭亚多米尼史特蕾达的代价，是尤吉欧的死亡与桐人的心神丧失。 激斗的半年后。 爱丽丝带着没有意志，只以空虚表情坐在轮椅上的桐人委身在「卢利特村」。 把整合骑士「守护人界」的职责托付给贝尔库利的爱丽丝选择跟桐人一起度过安静的生活。而贤者卡迪娜尔预言的「最终负荷实验」也一刻一刻地逼近「地底世界」…… 来自「黑暗领域」的邪恶气息开始流入「人界」。恐怖的黑暗军队终于开始有所行动。

为了拯救尚未从SAO里归还的亚丝娜，桐人登入到可疑的VRMMO「ALfheim Online」里。 　　这款次世代飞行系游戏「ALO」里有着「魔法」概念，以及以玩家的反应力与判断力来决定胜负的动作游戏要素，再加上能变成「妖精」在天空翱翔的「飞行系统」和不下于「SAO」的高性能，所以让许多玩家深深为之着迷。在游戏当中成为「守卫精灵」的桐人，拼命朝着亚丝娜被幽禁的所在地——同时也是所有玩家最终目标的「世界树」前进……！ 　　在路途当中，桐人虽然因为「火之精灵」这个精灵种族的阴谋而陷入了九死一生的危机，但在得到「风之精灵」的少女‧莉法帮助以及导航妖精‧结衣的辅助之后，终于得以逃出生天。 而桐人最后终于来到「世界树」的根部。但就在这个时候，莉法和桐人无意间知道了彼此的「秘密」……

尤吉欧终于再次和从他一直在追寻的少女，爱丽丝见面。 但是爱丽丝早已没有任何幼年时的记忆，而且还自称是「整合骑士」。 在识破桐人为「外部」人类的神秘少女，卡迪娜尔的帮助下， 两个人为了把爱丽丝恢复成「原本的模样」而朝着塔顶前进！

「圈内事件」──「SAO」的中层地区发生了惨案，一名玩家遭到杀害。 然而，遇害现场却是HP绝对不会减少的「安全圈内」。 就算假设这是一起PK事件，依然找不出凶手究竟是用什么方法杀人， 于是桐人与亚丝娜开始追查起这宗悬案。 「断钢神剑」──「ALO」里传说的圣剑。入手这把剑的任务终于开始。 因守护圣剑的怪物实在太过棘手，桐人曾一度放弃取得这把剑； 趁着这次机会，他再度加入了争夺的行列者当中。 只不过，这次的任务背后其实有某个非常壮大的活动。 「起始之日」──「SAO」正式上线的首日。在茅场晶彦宣布死亡游戏正式开始后， 桐人为了在游戏里头存活下去，定下第一个目标。 那就是先完成在封测时期曾有过攻略经验的任务，取得比初期装备更为强力的剑。

桐人从禁忌的死亡战斗MMO「Sword Art Online刀剑神域」回到现实世界后，立刻前去寻找游戏时的伙伴，同时也是心仪对象的亚丝娜。 但是结城明日奈（亚丝娜）却还没从那个恶梦般的游戏里归还。 桐人也因此而陷入困惑与绝望当中。他唯一的线索是亚丝娜以「妖精」模样伫立在鸟笼里的奇异图像文件。亚丝娜似乎是被困在一款高性能的VRMMO游戏「ALfheim Online」里面。 桐人为了解救亚丝娜，一头闯入这个有着无数妖精飞翔交错的「ALO」世界……!! 在网络上获得超人气的「妖精之舞」篇，正式展开!!

——「光之巫女」爱丽丝。即使牺牲所有黑暗军队也要得到她。 「最终负荷实验」第二天。在整合骑士赌上性命奋战之下屈居劣势的黑暗领域军，开始以卑劣的手段来反抗。从外部观测Underworld的美军佣兵——克里达把现实世界的人类投入这场最终决战当中。总共有超过五万名的玩家，参加了所谓「正宗VRMMO游戏的封测」。 人界军因为黑暗军队的增援而陷入濒死的绝境。光靠亚丝娜一个人实在无法对抗如此庞大的军队。这个时候，地底世界传说中的创世神们降临了。她们是发出闪亮光芒的太阳神索鲁斯，以及温柔、温暖的地母神提拉利亚。这两尊神明，有着诗乃与莉法的外表……

「盛开吧，蓝蔷薇！」 桐人与尤吉欧在象征「公理教会」的白色大理石塔「中央圣堂」里，朝着最高司祭「亚多米尼史特蕾达」等待着他们的最上层前进。 途中两人终于和「金木樨」的整合骑士爱丽丝再次见面了。但是桐人和爱丽丝的「武装完全支配术」却失去控制而破坏了高塔的外墙，两人也因此被吸到圣堂外面。 与桐人分开的尤吉欧相信伙伴一定能存活下来，于是便独自继续朝塔顶前进。这时候最古老且最强的整合骑士——贝尔库利·辛赛西斯·汪终于出现在他面前。 面对这名从小就相当憧憬的传说武士，尤吉欧还是毅然拔出了蓝蔷薇之剑。 而这场决斗就在一名剑士的诞生下落幕了。 在桐人不在身边的情况下，尤吉欧穿着整合骑士的铠甲，眼神露出冰冷的光芒——

「SAO」事件后经过了一年。 某一天，桐人接到了总务省「假想课」菊冈诚二郎的奇怪委托。 那是在枪械与钢铁的VRMMO「Gun Gale Online」里突然发生的「死枪」事件。 被拿着漆黑之枪的谜之角色所击中的玩家，在现实世界里也会随之「死亡」…… 无法拒绝帮忙调查的桐人，虽然对于「假想世界」对「现实世界」发生物理影响这件事感到不可置信， 但他还是登入了「GGO」。桐人为了寻找关于「死枪」的线索而在不熟悉的游戏里徘徊。 这时对他伸出援手的，是一名惯用大型来复枪「黑卡蒂Ⅱ」的少女诗乃！ 新章节突入！

在主角·桐人所登入，完全攻略前无法脱离的死亡战斗MMO「Sword Art Online刀剑神域」中，除了有像他这种以抵达最上层为目标的「攻略组」，还有许多职业、想法各不相同的玩家存在。她们在无法登出游戏的严苛状况下，仍充满朝气地生活着，欢笑并且哭泣，她们只是如此享受着「游戏」。「驯兽师」西莉卡、「冶炼商店」的女老板·莉兹贝特、谜样小女孩·结衣，以及让黑色剑士忘不了的少女·幸——独行玩家·桐人与她们共同交织出的四个章节，即将在此开启。

桐人进入谜一般的奇幻世界已经过了两年。 他和好友尤吉欧成为「北圣托利亚帝立修剑学院」的「上级修剑士」后，随即以当上人界最强秩序维持者「整合骑士」为目标，过着勤奋修行的日子。 这时身为「上级修剑士」的两人也有了自己专属的随侍。桐人的随侍名为罗妮耶，而尤吉欧的随侍名为缇洁。正当四个人建立了良好关系，度过充实的修剑士生活时—— 「恶意」突然朝他们袭来。 罗妮耶与缇洁落入了卑劣贵族们的陷阱中。得知她们陷入危机的尤吉欧虽然准备向恶人们拔剑，但对教会的信仰之心却让他无法动弹。这个时候，一道剧烈的疼痛感贯穿了尤吉欧的右眼，接着更浮现奇妙的符号。 那是一串尤吉欧无法阅读的神圣文字列。 ——「SYSTEM ALERT」。