永无止尽的轮回。 神鸣泽世界死亡后，整个世界被重新创造出来，故事也在世界转学到桐岛优树就读的高中之下再次开始。 改变前的记忆早已消失的两个人，像什么事都没发生过一样再次相遇，优树则开始帮助身体虚弱的世界到高中上课。虽然世界经常在上学途中或者是上课当中，因为身体状况恶化而早退，但已经慢慢接近『普通的高中生』了。 这个时候，发生她的室内鞋被某人藏起来的骚动。优树虽然对这种阴险的行为感到相当愤怒，但世界却出现出乎意料之外的反应——

至少要活得像自己。 贯彻「九十九机关的走狗」这种立场的祐树，让自己与神明（世界）之间的关系回到了原点。于是他们再次过起与一开始时没有两样的日子。 世界牺牲自己来维持这整个世界，祐树则对世界奉献出自己作为代价。如果这种扭曲的关系能够一直持续下去的话也就算了，但世界的生命已经快到终点，所以不久之后整个世界就会毁灭。而可以改变这种命运的，就只有以神明的身份发挥奇迹之力的神鸣泽世界。 被夹在自身任务以及担心爱人（世界）的想法之间而苦恼不已的祐树，最后想出了「蜜月旅行」这个奇妙的答案。他真正的心意究竟为何呢——？

不论世界毁灭多少次，我都要拯救你。 「活过千年时光的神明」神鸣泽世界，是一名银发红眼的美少女。不食人间烟火的她个性骄傲自大，外表看起来稚嫩却喜欢享受美酒与雪茄，平常过着一整天在宅邸里看书的生活。 高中生・桐岛祐树被选为「活祭品」献给神鸣泽。而神鸣泽对他表示『既然成为祭品，我就实现你的任何愿望做为代价吧』，于是他提出的愿望是—— 「神鸣泽世界小姐，请和我结婚吧。」 因此而展开的两人生活——是平稳又普通的日子，但不久后世界就开始因为恐怖的秘密而乱了套。 极端纯粹的恋爱喜剧。永无止尽的物语即将在此展开！

即使如此还是互相吸引。 世界又重新被建构起来。桐岛祐树在新世界里被赋予的角色是，站在之前一直是敌人的九十九机关这一边。而且他还带着使唤神鸣泽世界来拯救整个世界的使命。 对于充满痛苦的「任务」感到相当疲惫的世界，总是以极为冷漠的态度来对待祐树，而祐树则是忠实地扮演着自己的角色。在这样的情况中，两人之间不可能缩短的距离缓缓产生了变化。 这个时候，某个晚上发生的事情让两个人的关系急遽地接近，但是——

前往无尽轮回的尽头。 在大量受试者当中，成功于「非人道试验」存活下来的就只有少女A。于是少女A成为英雄，肩负起拯救世界的使命。 她的周围就只有排列着无数书籍的图书馆——她的心象世界里没有时间与空间的概念。为了拯救世界，少女A作为持续演算各种可能性的存在活在这世上。 在这样的少女面前，突然出现一名异物般的少年B，他开口这么说道： 「我说你啊，要不要跟我结婚？」 「好的，请多多指教。」 在看似永远的轮回尽头，等待着少女A与少年B的结局究竟为何？ 『无可挑剔的恋爱喜剧』将在此结束，同时再次开始——